Fue bien recibido por académicos y eruditos por sus altos conocimientos en varias materias y ganó influencias y amistades. Cuando el tiempo lo permitió abrió en Nanking una residencia. Su deseo era llegar hasta Pekín pensando que la conversión de China debería comenzar por la de Emperador y las clases altas. No sin numerosos problemas, llegaría a ser recibido por el emperador de China, Wan Li, en 1601.
En 1604, cuando la misión de China se hizo independiente de la provincia jesuita del Japón, Ricci fue su primer superior. Sin embargo, su método de adaptación cultural encontró oposición dentro y fuera de la Compañía de Jesús. Para Ricci, la acomodación de las prácticas (que no de la sustancia) de la religión cristiana a las situaciones concretas chinas era algo absolutamente necesario. La desaprobación de su método creció tras su muerte y se llegaría a la que es llamada la “controversia de los ritos chinos”.